Užívání antikoncepce může ovlivnit hladinu cholesterolu v krvi. Hmotnost tohoto účinku závisí na typu použitého antikoncepčního prostředku, konkrétněji na koncentraci estrogenů a progestinů. Zdá se, že estrogeny obsažené v antikoncepčních pilulkách ve skutečnosti mírně zvyšují hladinu dobrého cholesterolu (HDL), přičemž zároveň snižují hladinu špatného cholesterolu (LDL); konečný výsledek je mírný nárůst celkového cholesterolu, doprovázený významným zvýšením triglyceridů. Progestogeny obsažené v antikoncepčních pilulkách by místo toho měly opačný účinek vzhledem k tendenci zvyšovat LDL cholesterol snižující kvótu HDL.