V současné době neexistuje žádná vhodná vakcína, která by zabránila Marburgově horečce . Z tohoto důvodu je důležité přijmout chování zaměřené na zamezení nákazy.
Zejména cestující, kteří cestují do země, kde se koná epidemie Marburg, musí striktně dodržovat hygienické postupy, jako je mytí rukou a vyhýbání se dotýkání se předmětů, které se dostaly do kontaktu s nemocnými nebo mrtvými lidmi; v případě náhlého nástupu horečky je nutné neprodleně kontaktovat lékaře. Světová zdravotnická organizace dále doporučuje nejíst maso z volně žijících zvířat, jako jsou šimpanzi nebo opice.
Aby se zabránilo přenosu, všechny podezřelé případy vyžadují přísnou izolaci ve vybavených zařízeních a přijetí speciálních manipulačních postupů, kromě použití ochranných zařízení (masky, štíty na obličej, pláště a rukavice).
