Přesný původ viru Marburg je stále neznámý. V současné době se má za to, že onemocněním, za které je zodpovědný, může být zoonóza, kterou udržuje jedno nebo více původních zvířat afrického kontinentu. Dosud provedený výzkum však neumožnil identifikovat přírodní rezervoár nemoci, i když bylo analyzováno mnoho obratlovců a členovců.
Podle Světové zdravotnické organizace nejsou lidé součástí přirozeného cyklu viru, takže nákaza by v podstatě pocházela z náhodného kontaktu s jiným infikovaným primátem. Ve skutečnosti, přenos přes některé druhy opic byl dokumentován, pravděpodobně působit jako “zesilující hostitelé” pro Marburg virus. Dále, některé důkazy naznačují, že primáti mohou být zase infikováni expozicí netopýrů .
