Při použití přicházejí kontaktní čočky do kontaktu s různými látkami, které tvoří slzný film, včetně proteinů (lysozym, albuminy, mukopolysulfidy, fibronektin atd.). Postupem času, tyto přilnou k povrchu čočky a mohou denaturovat, což snižuje stupeň vlhkosti a hydrofilnosti. Díky tomu jsou tato zařízení méně pohodlná, než by měla být, a způsobují atopické reakce, jako je papilární zánět spojivek a zarudnutí očí . Kromě toho proteiny ulpívající na čočkách vytvářejí malé skvrny, které způsobují rozmazané vidění .
Pro odstranění bílkovinných usazenin z čoček je proto nezbytné čistit čistícími prostředky a proteolytickými enzymovými produkty, které je třeba pravidelně provádět. Tato řešení jsou schopna rozbít vazby mezi molekulami proteinu (dosud nedenaturovanými), které mohou být takto opláchnuty z čočky.
Alternativou je použití jednorázových kontaktních čoček : tyto se ve skutečnosti změní a odhodí, jakmile se použijí, dříve než se může vytvořit konzistentní akumulace proteinového materiálu.
