Patogeneze zkoumá vývoj onemocnění a řetězce událostí s ním spojených, které krok za krokem určují morfofunkční změny buněk a tkání náležejících do postižených orgánů. Tyto změny mohou být způsobeny chemickými, fyzikálními nebo biologickými činiteli (viry, bakteriemi atd.).
Zatímco etiologie definuje příčiny, patogeneze studuje její důsledky.
Při čtení lékařských textů se s nimi tedy můžeme setkat v termínech, jako jsou: mikrobiální patogeneze, zánětlivá patogeneze, virová patogeneze, maligní patogeneze (tendence onemocnění, obecně nádor, progresivně se zhoršující až potenciálně smrtelná). Mnohé nemoci rozpoznávají různé kauzální faktory (multifaktoriální etiologii) a ještě více jsou ty, které jsou charakterizovány různými evolučními mechanismy (mnohočetná patogeneze).
