Ačkoli dnes to může vypadat zřejmé, je zřejmé, že po tisíciletí člověk ignoroval skutečnost, že mikroskopické organismy způsobily určité nemoci.
Do roku 1600 byla považována za platnou tzv. Teorie spontánní generace, podle které mohou být některé organismy spontánně generovány z neživé hmoty. Klasickým příkladem je larva, o které se domníváme, že je schopna být generována z ničeho v kusu rozkládajícího se masa.
První zrušit tuto teorii byl Francesco Redi, osobní lékař velkovévody Toskánska. Redi dala dva kousky čerstvého masa do dvou oddělených nádob, přičemž první nechala otevřenou a chránila druhou od mouchy sítnicí. Po několika dnech si všiml, že se s larvami plazí pouze otevřená nádoba. Redi proto ukázala, že larvy se nevytvářejí z ničeho, ale pocházejí z vajec položených mouchami.
Existence mikroorganismů začala mluvit až v osmnáctém století, a to díky studiím z Modenese Lazzaro Spallanzani, který poprvé vytvořil a uvedl v lékařské literatuře termín "zárodek". Nicméně, objev bakterií je přičítán Antonymu Leeuwenhoek (1632-1723), textilní obchodník s vášní pro mikroskopy.
Leeuwenhoek pozoroval, jak se po čištění zubů v ložiskách zubního kamene nacházely „živé bytosti“. Tento objev byl umožněn optimalizací optického mikroskopu, který si postavil sám Leeuwenhoek a který se následně dále zlepšoval.
Příchod moderního mikroskopu však otevřel nové otázky o teorii spontánní generace. Z prvních pozorování se ve skutečnosti zdálo, že jednoduchá expozice organického materiálu vzduchu vedla v krátkém čase k vývoji zárodků na jeho povrchu.
Francouzský biolog Louis Pasteur zasáhl, aby popřel hypotézu spontánní mikrobiální generace. Pasteur vařil vývar v skleněné baňce s dlouhým hrdlem, vybavené speciálním zobákem ve tvaru písmene S, který zabraňuje vniknutí prachu (a bakterií do něj). Pasteur poznamenal, že díky těmto zařízením se v živné půdě nevytvořily žádné bakterie, a proto se bakterie nevytvářejí spontánně.
