Silná kyselost obsahu žaludku činí žaludek obzvláště nepřátelským prostředím pro viry a bakterie. Pouze jeden druh, Helicobacter pylori, dokáže stabilně přežít a kolonizovat lidskou sliznici žaludku. Pro zbytek, většina z přijímaných mikroorganismů je rychle zničena během několika minut.
Několik studií in vitro ukázalo, že pro široké a účinné baktericidní působení musí být pH zvláště nízké. Konkrétně, pH rovné nebo menší než 2, 0 obecně zabíjí všechny bakterie; podobná kyselost je však v žaludku přítomna pouze nalačno, zatímco po jídle přítomnost potravy (hlavní vehikulum, s níž bakterie pronikají žaludkem) dočasně zvyšuje pH na hodnoty 4-5.
Je také nutné vzít v úvahu časový faktor, protože čím nižší pH a méně času je zapotřebí k dosažení úplného baktericidního účinku a naopak. Nicméně hodnoty pH nad 3, 5 mají velmi nízký baktericidní účinek, zatímco pH nad 4 má nulový baktericidní účinek.
Nedávné vědecké důkazy ukazují, jak je baktericidní aktivita stanovena - kromě žaludeční kyselosti - také pepsinem (proteolytickým enzymem, který se podílí na štěpení proteinů). Určitá antibiotická aktivita je také vyvolána určitými enzymy přítomnými v žaludeční šťávě, jako jsou defensiny a laktoferin.
Na mikrobiální frontě může být přežití různých mikroorganismů proti baktericidní aktivitě žaludečních šťáv podporováno spojením s některými složkami potravin; například bylo prokázáno, že virulence salmonel je jednoznačně lepší, když je zaváděna do trávicího traktu kontaminovanými proteinovými potravinami (např. vejci nebo masem).
Je zřejmé, že i použití antacidních léčiv nebo inhibitorů protonové pumpy, které snižují pH žaludku, podporuje přežití bakterií v žaludku. Navíc, jak se zvyšuje bakteriální zátěž (počet požitých bakterií), zvyšuje se také pravděpodobnost, že některé mikroorganismy přežijí.
Rovněž je třeba zvážit problém toxinů a spór. Toxiny jsou látky produkované bakteriemi nebo jejich složkami, které mohou způsobit poškození (otrava jídlem), i když je bakterie zabita žaludeční kyselostí. Spory jsou namísto klidových forem, ve kterých některé bakterie ustupují, když jsou podmínky prostředí nepříznivé, pouze aby byly reaktivovány, jakmile to okolnosti dovolí; spory Clostridium difficile například překračují neporušenost žaludeční kyseliny a pak klíčí v žaludku.
Ve srovnání s bakteriemi mají viry obvykle větší šanci přežít kyselé prostředí žaludku. Není divu, že viry patřící k rodům Norovirus (Norwalk virus), Rotavirus, Astrovirus a Adenovirus se často podílejí na vzniku infekčních průjmových forem (virová gastroenteritida).
