U zvířat se symptomatologie influenzy ptáků liší jak ve vztahu k virovému kmeni, který se podílí na infekci, tak ve vztahu k postiženým druhům. Zejména u ptáků má infekce benigní průběh, pokud je způsoben nízkopatogenními viry, které patří do všech subtypů H ( LPAI - nízký patogenní ptačí vliv ). Onemocnění způsobené virem LPAI je lokalizováno a charakterizováno respiračními a enterickými symptomy, často spojenými s celkovou malátností, slzami a reprodukčními abnormalitami u hospodářských zvířat (např. Změny vajec a snížené snášení vajec).
Naproti tomu některé virové kmeny patřící k subtypům H5 a H7 mohou způsobit vysoce patogenní influenzu ptáků ( HPAI - High Pathogenic Avian Influence ), což je vždy systémové a závažné onemocnění spojené s vysokou mortalitou mezi některými druhy volně žijících a domácích ptáků. Nejviditelnější symptomy jsou v nervovém systému, s depresí smyslové, zpětné rotace hlavy a paralýzou křídel.
