Kromě individuálních ochranných opatření a kontroly životního prostředí dopravce lze japonské encefalitidě předcházet očkováním.
Vakcína Ixiaro, již schválená FDA (Food and Drug Administration) v USA a schválená agenturou EMEA (Evropská agentura pro léčivé přípravky), se podává intramuskulárně v oblasti deltového svalu (horní část paže), ve 2 dávkách, ve druhém případě. který je naočkován 4 týdny po první. Pro dobrou aktivní imunizaci musí být očkovací cyklus dokončen nejméně jeden týden před možným kontaktem s virem japonské encefalitidy.
Vakcína proti japonské encefalitidě se doporučuje pro cestující, kteří zůstávají venku v endemických oblastech, v období, kdy je přenos infekce nejpravděpodobnější; není však indikován u jedinců mladších 18 let během těhotenství a kojení.
