Diagnóza africké trypanosomózy musí být zvážena u všech osob, které zůstaly v oblastech Afriky považovaných za ohrožené tímto onemocněním.
První stadium spavosti je obtížné diagnostikovat, protože způsobuje nespecifické symptomy, jako je horečka a slabost. Metody použité pro přímou identifikaci trypanosomů zahrnují analýzu světelného mikroskopu vzorků krve (smear nebo tlustý pokles) nebo aspiraci lymfatických uzlin. Jiné nespecifické laboratorní nálezy ukazují pancytopenii, zvýšené VES a PCR a zvýšené hladiny IgM.
Když parazit napadne centrální nervový systém a pacienti začnou projevovat neurologické a psychiatrické symptomy (špatná motorická koordinace, dezorientace, křeče a poruchy spánku), diagnostické vyšetření vyžaduje analýzu vzorku mozkomíšního moku . Vyšetření kapaliny umožňuje izolovat trypanosomy a zvýraznit vysoké hladiny lymfocytů, celkových proteinů, výrazného zvýšení IgM a charakteristických Mottových buněk (plazmatické buňky s cytoplazmatickými vakuolami obsahujícími imunoglobuliny).
