Marburgův virus se pojmenoval podle německého stejnojmenného města, kde se poprvé objevil v roce 1967, kdy způsobil tři současné vypuknutí v Německu (města Marburg a Frankfurt) a v bývalé Jugoslávii (Bělehrad). V obou zemích byl virus Marburg pravděpodobně zaveden dovozem ugandských zelených opic ( Cercopithecus aethiops, také známých jako šedozelená Cercopiteco).
První případy byly zaznamenány mezi pracovníky laboratoře v těsném kontaktu s těmito primáty. Sekundární případy zahrnovaly zdravotnický personál v nemocnicích vystavených infikovanému biologickému materiálu.
Následně byly v Jižní Africe, Keni, Demokratické republice Kongo a Angole zaznamenány sporadické epizody nebo epidemie, a to celkem asi 600 případů a 480 úmrtí.
