Od 2 do 21 dnů po infekci se objevují první příznaky eboly: horečka, intenzivní slabost, bolest kloubů a svalů, bolesti hlavy a laryngitida, následované zvracením, průjmem a bolestmi břicha. Od pátého do sedmého dne se může vyvinout charakteristická vyrážka se skvrnami a malými bublinkami.
V průběhu onemocnění se může objevit selhání jater nebo ledvin, problémy s koagulací a krvácení ze sliznic gastrointestinálního traktu a pohlavních orgánů. Pacient má obvykle mezi 6 a 16 dny bojovat a porazit virus, jinak může závažné krvácení a kardiovaskulární kolaps vést k smrti. Úmrtnost se liší podle kmene viru Ebola a poskytované péče.
