Pravděpodobnost přenosu toxoplazmózy na plod se liší podle období gestace, ve které matka nakazila infekci: riziko je na počátku těhotenství nízké a zvyšuje se s postupem času. Naopak závažnost poškození hlášeného dítětem je větší, jakmile dojde k přenosu matky a plodu. V případech infekce nakažených v šestém měsíci těhotenství může spontánní potrat, předčasný porod nebo porod plodu představovat chorioretinitidu, hydrocefalus (nebo mikrocefalii) a intrakraniální kalcifikace. Tyto neurologické příznaky mohou být spojeny s kožními erupcemi, atrofií zrakového nervu, nystagmusem, žloutenkou, myokarditidou a pneumonií.
V případě pravděpodobné a zjištěné mateřské toxoplazmózy z testu Toxo, aby se zjistilo, zda Toxoplasma gondii skutečně překročila placentární bariéru a infikovala dítě, je indikováno provedení amniocentézy (ne před 15. týdnem těhotenství). Vzorek plodové vody odebraný během vyšetřování a podrobený PCR (polymerázová řetězová reakce) umožňuje potvrdit možnou přítomnost DNA parazita, čímž se diagnostikuje fetální infekce. Na druhé straně může echografické monitorování vykazovat jasné známky poškození plodu (intrakraniální kalcifikace, hydrocefalus, hepatomegalie, intrauterinní retardace růstu). Po narození je podezření na vrozenou toxoplazmózu potvrzeno především sérologickým vyšetřením a přítomností příznaků nemoci, které se mohou objevit až o několik let později, zejména při absenci terapie.
